กลุ่มงานบริหารงานทั่วไป รับผิดชอบงานเกี่ยวกับ งานบริหารทั่วไป, งานตรวจสอบและควบคุมภายใน, งานส่งเสริมคุณธรรมและจริยธรรม, งานคุ้มครองผู้บริโภคด้านสุขภาพ, งานประสานงานองค์กรภายนอก, งานนิติการ, งานนโยบายเร่งด่วน, งานประกันสุขภาพ, งานประกอบโรคศิลปะ และงานกำกับดูแลหน่วยบริการในสังกัด

กลุ่มงานพัฒนาวิชาการและคุณภาพบริการ  รับผิดชอบงานเกี่ยวกับ งานพัฒนายุทธศาสตร์สาธารณสุข, งานข้อมูลข่าวสารและสารสนเทศ, งานนิเทศและติดตามประเมินผล, งานวิจัยและนวัตกรรมด้านสุขภาพ, งานนโยบายเร่งด่วน, งานจัดทำคู่มือปฏิบัติงานและฝึกอบรม, งานเผยแพร่ผลงานวิชาการ, งานควบคุมมาตรฐานหน่วยบริการ, งานสนับสนุนสุขภาพภาคประชาชน, งานสุขศึกษาและประชาสัมพันธ์, งานอุบัติเหตุและภัยพิบัติ, งานสนับสนุนและพัฒนาคุณภาพบริการ, งานสนับสนุนหน่วยบริการปฐมภูมิ, งานสนับสนุนหน่วยแพทย์ พอสว., งานพัฒนาบุคลากร, งานบริการสาธารณสุขเฉพาะด้าน และการปฏิบัติงานร่วมกับหน่วยงานอื่นๆ

กลุ่มงานส่งเสริมสุขภาพและป้องกันโรค รับผิดชอบงานเกี่ยวกับ งานส่งเสริมสุขภาพ (อนามัยแม่และเด็ก, วางแผนครอบครัว, โภชนาการ และอนามัยโรงเรียน), งานควบคุมโรคติดต่อ, งานควบคุมและป้องกันโรคไม่ติดต่อ, งานสุขาภิบาลและอนามัยสิ่งแวดล้อม, งานอาชีวอนามัย, งานทันตสาธารณสุข, งานสุขภาพจิตและยาเสพติด, งานการแพทย์แผนไทยและการแพทย์ทางเลือก, งานควบคุมเฝ้าระวังโรคอุบัติใหม่อุบัติซ้ำ, งานระบาดวิทายา และงานกฎหมายสาธารณสุข

สำนักงานสาธารณสุขอำเภอดำเนินสะดวก  มีระบบการควบคุมและกำกับติดตามผลการดำเนินงาน  แบ่งเป็น  2  ระดับ  คือ 

1. ระดับหน่วยบริการในสังกัด  ผ่านการทำคำรับรองปฏิบัติราชการ  ระหว่างผู้อำนวยการโรงพยาบาลส่งเสริมสุขภาพตำบลและสาธารณสุขอำเภอ  ปีละ  2  ครั้ง  ร่วมกับการนิเทศและประเมินผลงานตามตัวชี้วัดของสำนักงานสาธารณสุขจังหวัดราชบุรี  พร้อมทั้งตรวจสอบและควบคุมภายใน  ผ่านคณะกรรมการระดับอำเภอ  ปีละ  2  ครั้ง  นอกจากนี้ยังมีการประชุมติดตามความก้าวหน้าในการดำเนินงาน  หรือประชุมคณะกรรมการและคณะทำงานเฉพาะด้าน  เป็นประจำในทุกเดือน

2. ระดับสำนักงานสาธารณสุขจังหวัดและกระทรวงสาธารณสุข  ผ่านการทำคำรับรองปฏิบัติราชการ  ระหว่างสาธารณสุขอำเภอและนายแพทย์สาธารณสุขจังหวัด  ร่วมกับการนิเทศและประเมินผลงานตามตัวชี้วัด  พร้อมทั้งตรวจสอบและควบคุมภายในจากคณะกรรมการระดับจังหวัด  ปีละ  2  ครั้ง  และมีการประชุมติดตามการดำเนินงาน  ผ่านการประชุมคณะกรรมการประสานงานสาธารณสุขระดับจังหวัด  (คปสจ.)  เดือนละ  1  ครั้ง  และการประชุมเฉพาะด้านผ่านผู้รับผิดชอบงานโดยตรงเป็นประจำ  พร้อมทั้งมีการนิเทศและประเมินผลการดำเนินงานจากสำนักงานปลัดกระทรวงสาธารณสุข  โดย  สาธารณสุขนิเทศและผู้ตรวจราชการกระทรวงสาธารณสุข  เขตสุขภาพที่  5  สำหรับกลไกลสำคัญในระบบการควบคุมและกำกับติดตามผลการดำเนินงาน  ทั้ง  2  ระดับ  คือ  กลไกผู้จัดการโครงการ  หรือผู้รับผิดชอบงานหลัก  (Project Manager, PM)  ในระดับอำเภอ  ซึ่งมีหน้าที่ในการวิเคราะห์  วางแผน  ติดตาม  และประสานงานในด้านที่รับผิดชอบโดยตรง

พร้อมทั้งมีการเชื่อมโยงการดำเนินงานด้านสาธารณสุขระหว่างหน่วยงานของรัฐในระดับอำเภอ  ซึ่งประกอบด้วย  โรงพยาบาล  (โดยในแต่ละอำเภอ  อาจมีระดับการบริหารงานและระดับความเชี่ยวชาญของโรงพยาบาลแตกต่างกันตามหลักเกณฑ์ของกระทรวงสาธารณสุข  ได้แก่  โรงพยาบาลชุมชน, โรงพยาบาลทั่วไป  และโรงพยาบาลศูนย์), สำนักงานสาธารณสุขอำเภอ  และโรงพยาบาลส่งเสริมสุขภาพตำบล  (รพ.สต.)  ภายใต้กลไก  คณะกรรมการประสานงานสาธารณสุขระดับอำเภอ  (คปสอ.)  ซึ่งมีผู้อำนวยการโรงพยาบาล  เป็นประธานคณะกรรมการ  และมีการเชื่อมโยงการดำเนินงานด้านสาธารณสุขร่วมกับหน่วยงานรัฐและเอกชนที่เกี่ยวข้อง  ผ่านกลไก  คณะกรรมการพัฒนาคุณภาพชีวิตระดับอำเภอ  (พชอ.)  โดยมีนายอำเภอ  เป็นประธานคณะกรรมการ  ภายใต้ระเบียบสำนักนายกรัฐมนตรีว่าด้วยคณะกรรมการพัฒนาคุณภาพชีวิตระดับพื้นที่  พ.ศ. 2561